1965年的“626指示”中，毛主席严厉地批评卫生部是“城市老爷部”，发出了“把医疗卫生工作的重点放到农村去”的号召，而赤脚医生制度就是“626指示”的生动实践。
然而，这场生动实践却在80年代初戛然而止。某些人为了逃脱历史罪责，长期以来在主流媒体贬低赤脚医生制度，抛出什么赤脚医生“水平低、不专业”论、“无效、等死”论、“打针致聋”论等等恶毒攻击。
所谓“水平低、不专业”，与某些人在1975年抛出的“穿鞋论”逻辑一致，指责赤脚医生“没学历、只会土偏方”，却完全无视上世纪五六十年代中国农村缺医少药的残酷现实。赤脚医生通过短期培训，用有限的药物和简单的医术，挽救了无数因高烧、感染而濒死的农村百姓，可谓是在“活着”与“活好”之间，做出了历史条件下的最优选择。
“无效、等死”论则是拿医疗条件先进的城市医院去贬低赤脚医生，完全无视赤脚医生在普及卫生常识、防疫灭病（如接种疫苗、熬大锅汤防疫）、接生保胎等方面做出的巨大贡献，以及当时农村医疗条件得到极大改善的客观事实。
至于“打针致聋”论等攻击，则是拿当时医学水平尚未发现的药物副作用（如链霉素过敏）个别极端例子，用个例来否定整体。
赤脚医生依托人民公社制度，实现了农民养得起的“半农半医”，他们走村串户，用极其廉价却很有效的方式（如中草药、针灸）解决了农村常见病、多发病，极大缓解了农村缺医少药的困境，让新中国的人均预期寿命翻番，新生儿死亡率从解放初的25%降至70年代末的3%，为当时农村医疗兜底做出了不可磨灭的贡献，其伟大的历史功绩不容否定。
赤脚医生制度的消亡，不能简单归咎于某个单一的人为决定或者“阴谋”，它更像是一场由经济基础崩塌、制度内在矛盾和社会结构变迁共同导致的“系统性解体”。
虽然在80年代初，很多老干部和农村的老百姓都想希望维持毛泽东时代建立起来的赤脚医生制度以及农村合作医疗，他们既想要分田单干、激活市场经济，又想要维持原先的保障兜底体系、维持社会稳定，但在时代大潮面前，这种努力难以扭转那些根本性的变化。
70年代末农村改革推行以后，卫生部内部产生了争论：一种观点认为，农村合作医疗和赤脚医生是解决农村问题的重要制度，应随着集体经济形式变化寻找新办法；另一种观点则认为，农村合作医疗和赤脚医生是极左产物，影响卫生院业务收入，是僵化保守的残留，农村医疗可由乡村医生个人承包。
1981年，卫生部出台允许个体开业的政策，明确赤脚医生不再依托公社工分，改为有偿行医，赤脚医生由集体卫生员变成自负盈亏的个体行医者。
赤脚医生制度是人民公社体制的产物：报酬主要来自生产队记工分，与同等劳动力持平，直接参与集体分配；合作医疗站的运营资金，来源于生产大队的公益金和社员缴纳的少量费用；一部分药品和器械靠公社统一采购，一部分药品则是靠生产队集体协作的“土医、土药、土方，自种、自采、自制、自用”模式以极低成本提供。
1978 年，农村开始推行家庭联产承包责任制，人民公社逐步解体，这是赤脚医生制度消亡最核心根源：生产队取消 “工分制”，赤脚医生失去稳定劳动报酬来源，以前看病、防疫能挣工分分粮食，分田单干后行医失去了集体经济兜底补贴；公社统筹的村合作医疗大面积停办，集体不再统一补贴药品、器械，村卫生室运营成本全部压在赤脚医生个人身上，药品采购、防疫开支无力承担。
经济基础的崩塌直接导致了农村合作医疗的陷入困境，继而引发了思想认识的混乱。赤脚医生个人开业后，由于“一切向钱看”，小病大治、一病多治、开大方、卖贵药、多收费的情况普遍出现；在这些通过个人开业先富起来的赤脚医生带动下，在村卫生室坚守的有责任心的赤脚医生寒了心，由于没有集体补贴又没有了工分，他们自己吃饭都困难；于是，越来越多的赤脚医生被带动起来，积极准备个人开业；一些地方的村卫生室明明已经筹集到了合作医疗资金，最后也由于赤脚医生个人开业被迫解体，最终导致农村合作医疗相继停办。
1985年，卫生部正式决定停止使用“赤脚医生”这个带有浓厚政治和时代烙印的名称，通过统一考核，合格者改称“乡村医生”，不合格者被清退或改称“卫生员”，一场轰轰烈烈的群众卫生运动，由此正式走向终结。
在赤脚医生制度瓦解、合作医疗大面积解体后，农村医疗进入了一个长达十几年的“真空期”，预防为主、群防群控、大规模的健康教育和爱国卫生运动相结合的基层卫生体系几近瘫痪。
2003年第三次国家卫生服务调查显示，农村居民患病后两周未就诊率高达45.8%，需要住院而未住院的比例为30.3%；在“以药养医”体制下，医院和医生有强烈动机开贵药、多开药，农民形象地说：“救护车一响，一头猪白养”；CT、核磁共振等大型设备检查费用高昂，往往做几个检查就耗光积蓄，一次住院就能花掉一个农民全年的现金收入；心脑血管、肿瘤等大病治疗费用动辄数万乃至十几万，对没有医保的农民而言就是天文数字，“因病致贫、因病返贫”成为突出社会问题。
赤脚医生的历史绝非一曲简单的挽歌，它的兴衰告诉我们，真正服务于人民的医疗卫生体系，其灵魂在群众路线，其生命力在于与生产资料公有制的协同；它映照出的，是人民共和国在资源有限的工业化积累时期，通过制度创新和群众动员，维护医疗平等和最基层劳动人民的健康权的伟大尝试。
